Η μαρίνα βρίσκεται επί της ανατολικής ακτής του Κόλπου Θεσσαλονίκης, στην περιοχή Μικρό Έμβολο, στο παράκτιο μέτωπο της Καλαμαριάς Θεσσαλονίκης, μεταξύ των εγκαταστάσεων του Ναυτικού Ομίλου Καλαμαριάς (στα βόρεια) και την περιοχή της Νέας Κρήνης (στα νότια).

Η χερσαία ζώνη της μαρίνας εκτείνεται νοτιοδυτικά της οδού Νικολάου Πλαστήρα και σε άμεση επαφή με αυτή, προς βορρά μέχρι τη νοητή επέκταση της οδού Μυστακίδου και προς νότο μέχρι τη νοητή επέκταση της οδού Λεβαντή. Συνορεύει με τις συνοικίες Αρετσού, Κουρί και Νέα Κρήνη.

Η Μαρίνα Καλαμαριάς βρίσκεται σε απόσταση περίπου 10χλμ. από το κέντρο της Θεσσαλονίκης μέσω της Λεωφόρου Βασιλίσσης Όλγας και 9χλμ. από τον Διεθνή Κρατικό Αερολιμένα Θεσσαλονίκης «Μακεδονία» μέσω της Λεωφόρου Γεωργικής Σχολής.

Η ευρύτερη περιοχή της Μαρίνας Θεσσαλονίκης είναι ιδιαίτερα δημοφιλής και για τους επισκέπτες, καθώς η τοποθεσία της προσφέρεται για περιπάτους, άθληση ή χαλάρωση στο καφέ της μαρίνας με μοναδική θέα προς τον Θερμαϊκό Κόλπο.